A contraindicação mais óbvia é a hemorragia recente. A doença do fígado severa pode predispor a hemorragia quando a varfarina é prescrita, através de vários mecanismos como por exemplo:

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•         A incapacidade do fígado produzir proteínas coagulantes;
•         Reduzida clearence de varfarina;
•         A presença de trombocitopenia concomitante devido a hipertensão portal.

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Também são contraindicados  em casos de aneurismas cerebrais, hipertensão arterial não controlada, cirurgias neurológicas, oftalmológicas e urológicas recentes, assim como em casos de alcoolismo crónico.

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Também a história de quedas deve ser tida em conta, devendo ser avaliada individualmente, uma vez não prediz quedas futuras mas deve ser levado em conta a relação risco-beneficio. Alguma literatura sugere que o risco de quedas não tem mais importância que os benefícios da varfarina.

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Contraindicações menos óbvias são:

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•         Incapacidade de determinação do INR;
•       Dificuldades de visão e audição em pacientes que não tenham o auxilio de outros na hora da toma do medicamento ou mesmo quando a prescrição é alterada.​ ​

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​A varfarina é teratogénica e deve ser evitada na gravidez (sendo as heparinas um possível substituto seguro).​[13][14]
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